大肠杆菌
大肠杆菌是5日龄的新生犊牛腹泻的主要原因，经口接触细菌污染的饲喂器具、垫料后感染，初乳管理不当是导致新生犊牛腹泻的核心因素。发病初期体温升高，后面表现为常温或低烧，出现水样腹泻，病程急，发病后数小时出现脱水，尾部和腿部污染严重，水样腹泻后4-12小时发生休克。有的患病犊牛不表现腹泻，但是腹部严重鼓胀，触诊右侧下腹部有大量液体。剖检病死犊牛发现真胃内存在大量凝乳块，真胃黏膜出血、红肿并覆盖胶性黏液，小肠黏膜出血、充血，肝脏、肾脏苍白有出血点。
轮状病毒
犊牛从粪便污染的环境中摄入病毒后会被感染。摄入病毒后，潜伏期约为24小时，大多在8-20日龄段发病率达到高峰。轻微感染症状不明显，与其他致病菌混合感染时可造成体温升高；重度感染时粪便呈黄绿色、黏稠、偶然有血便、粪便中有肠黏膜，病牛表现精神沉郁，脱水及体温下降，治疗不及时可继发酸中毒症，甚至引起死亡。
冠状病毒
犊牛冠状病毒腹泻的流行病学和病理学与轮状病毒相似，冠状病毒主要感染7-22日龄左右的犊牛。感染后大约两天开始出现临床症状，腹泻主要是由肠细胞损失和吸收障碍引起小肠结肠炎，粪便性状从松软到水样不等，带有肠黏膜，与细菌混合感染可造成较高的死亡率。轮状病毒和冠状病毒常混合感染新生犊牛，冠状病毒粪便松散但黏稠似糖浆。
沙门氏菌
沙门氏菌病又称犊牛副伤寒，2-6周龄左右犊牛多发，表现发热40-41.5℃、之后出现严重水样腹泻，腹泻颜色呈灰色、巧克力色或绿色，并伴随里急后重现象，粪便有腐臭味，多半有肠黏膜、纤维蛋白、干酪样带血，治疗效果不明显，病牛厌食、精神沉郁、伴有肺炎或脱水，最后引起全身性败血症和高死亡率。病死犊牛解剖表现浆膜与黏膜出血，腹腔粘连有渗出液，脾脏肿大，肠系膜淋巴结增生，肠黏膜坏死形成麸皮样覆盖物。
隐孢子虫
隐孢子虫作为一种场间阳性率较高的腹泻病原体，其同样是通过粪口途径感染的。主要感染4-30日龄段新产犊牛，通常在感染后7-21天临床症状最为严重。重症牛表现腹泻、体温升高、粪便灰白色或黄色，有大量纤维素、血液、黏液，被毛粗乱，牛只渐进性消瘦，运动失调，普通抗生素治疗常无效。如果怀疑有隐孢子虫，应采集粪便样本进行检测，常见检测方法有粪便学诊断（漂浮法、染色法）、免疫学诊断（ELISA、IFA）、分子生物学诊断（荧光PCR和巢氏PCR），确诊后，可使用芬苯达唑治疗，同时根据脱水情况进行补液。隐孢子虫在低温水中最长可存活数月，因此对于一些有感染史的牧场，隐孢子虫可能是引起犊牛腹泻的最顽固病原体。
研究表明，隐孢子虫混合感染比单一感染更频繁，其通常与轮状病毒混合感染，在2-7日龄段的犊牛腹泻病例中约占10%，而在8-14日龄段的病例中最高达55.5%；隐孢子虫与球虫可同时存在于同一宿主体内，造成继发感染，使犊牛腹泻临床症状加重，增加死亡率。
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