北美猪临床病例中猪链球菌的耐药基因型和表型

背景和目标

猪链球菌是一种革兰氏阳性球菌，可引起猪的多种感染形式，包括脑膜炎、关节炎、心内膜炎、败血症和肺炎，导致养猪业的重大经济损失，特别是对幼龄猪只。本研究的目的是描述来自北美的临床猪链球菌的表型和表型抗菌药物敏感性模式。

材料和方法

采用肉汤微稀释法测定了400株全基因组测序分离株的19种不同抗生素的MIC值（最小抑菌浓度）。在19种抗生素中，只有6种抗生素具有CLSI（美国临床和实验室标准协会）推荐的猪链球菌耐药折点，这是本研究的主要焦点。使用Illumina MiSeq（因美纳高通量测序）对分离株进行内部全基因组测序。

结 果

共有388/400株（97%）菌株对四环素具有耐药性。氨苄西林、头孢噻呋、青霉素、氟苯尼考和恩诺沙星的耐药率范围为0%至7.8%。从基因型上，在数据集中可以检测到大量AMR（抗菌药耐药）基因，除了tetO（89%）和ermB（80.1%）的检出率较高外，其他大多数均比例较低。其他包括：tetM（7%）、tet44（5%）、tetS（5%）、ant6-la（5.5%）、InuC（4.5%）、linB（4%）、 tet32（2.5%）和tetL（2.5%）是最常检测到的耐药基因，未检测到β-内酰胺药物的耐药基因。总共有95.1%的四环素耐药菌株至少有一个对四环素耐药的基因呈阳性。在其他被评估的药物中没有观察到这种趋势。

讨论和结论

tetO和ermB基因的高流行率与以往的研究一致。β-内酰胺的表型和基因型相关性不明显，因为在耐药表型菌株中缺乏已知的AMR（抗菌药耐药）基因。这可能是因为存在其他耐药性机制或是目前还没有研究到的耐药基因。大多数（71%）的青霉素耐药菌株可能是机会性/共生性的。只有两种耐青霉素菌株属于ST1或ST28，这是美国猪群中最常见的致病株。本研究表明氟苯尼考、恩诺沙星和β-内酰胺药物的耐药性在猪链球菌发病猪群中的比例非常低。在针对猪链球菌的抗菌药物管理计划中，持续的研究对于促进对全基因组测序数据的理解和有效利用至关重要。